問題となったのは、2025年6月のパドレス戦で投じた一球だった。山本はその試合で圧巻の投球を続け、2者連続で三球三振を奪った直後、フェルナンド・タティス・ジュニアを追い込んだ。迎えた3球目、真ん中高めに投じた154キロのストレートは、打者の手元で鋭く伸びる完璧な一球だった。しかし、球審ハドソンの判定はまさかの「ボール」。その瞬間、日本人投手として初となる「3者連続3球三振」という極めて珍しい偉業の可能性が消え去った。映像を見た多くのファンからは疑問の声が上がり、パドレスの地元中継でも解説者が「本物のストライクだ」と断言。実況も「これは大きな問題になる」と語った。山本由伸が見せた圧倒的な投球、その歴史的な場面を止めた判定。単なる一つのミスなのか、それとも記憶に残る誤審なのか――。この一球は、今なお多くの人々の心に残り続けている。